Sull'origine di Codogno non si hanno notizie certe: essa pare collocabile in epoca romana, quando fu sconfitta la Gallia Cisalpina. Il nome Codogno, antica "Cothoneum", deriverebbe infatti da quello del Console Aurelio Cotta, vincitore dei Galli Insubri che popolavano queste terre; ma il nome potrebbe anche essere stato tratto dal pomo "cydonio", o melo cotogno, frutto tipico del luogo.

Dopo il buio periodo delle invasioni barbariche, nel quale si perdono le tracce del borgo, la prima testimonianza certa dell'esistenza di Codogno la si ha solamente nel 997, quando il centro abitato viene citato in un diploma dell'Imperatore Ottone III; da allora, la troviamo citata più volte nel corso dell'XI secolo come facente parte del feudo del Vescovo di Lodi. Nel 1441 passa sotto il dominio della famiglia Fagnani, dal 1450 a quello dei Trivulzio; nel 1453 Francesco Sforza le conferisce il rango di "borgo".

Già all'epoca Codogno aveva forte tensione autonomistica, con un propria vita commerciale, piccolo polo di attrazione per tutti i paesi limitrofi, tant'è che i codognesi si slegarono dalla realtà del territorio dei Trivulzio e chiesero di essere considerati piacentini, allo scopo di avere un mercato più libero e più ampio. Così, con un atto ratificato il 21 aprile 1492, i codognesi divennero cittadini piacentini, e vollero, a dimostrazione della propria gratitudine, la lupa piacentina nel proprio stemma, legata con una catena d'oro all'albero di mele cotogne.

L'inizio del XVI secolo fu un buio periodo, sia perché caratterizzato dalle battaglie fra Francia e Spagna per l'occupazione dell'Italia, che culminarono per Codogno con il saccheggio della città da parte del Duca di Borbone diretto a Pizzighettone (in seguito al quale nel 1524 la città venne fortificata) sia per la peste che nel 1516 devastò la popolazione.

I residenti, secondo i sinodi diocesani, unica fonte disponibile, erano nel 1584 3.500 unità, ma già nel 1609 erano passati a 5.300 e, nonostante la terribile peste manzoniana del 1630 che ridusse di un quinto la popolazione, verso la fine dello stesso secolo a 6.500.

L'affermata prosperità economica spinse i reggitori del borgo a chiedere l'emancipazione della servitù feudale. Così, alla morte del principe Antonio Teodoro Trivulzio avvenuta nel 1678, non avendo questi lasciato figli maschi, i codognesi colsero al volo la possibilità di affrancarsi, e nell'agosto dello stesso anno tutti gli uomini giurarono fedeltà direttamente al sovrano. La vedova del feudatario, forte di un capitolare firmato a Madrid, impugnò nel 1655 tale atto, pretendendo di succedere al defunto marito. I codognesi si attivarono al punto che il 6 giugno 1672, con un diploma regale di Carlo II venne stabilita "in perpetuo" la loro libertà da ogni feudo; Codogno divenne Regio Borgo.

In quest'epoca Codogno godeva di una certa floridezza economica derivante dall'agricoltura, dall'industria del lino e della seta, ma soprattutto dall'industria casearia, che si sviluppò sino a raggiungere l'apice tra il XVII ed il XVIII secolo. Se si escludono le vie più centrali del borgo, in tutte le altre si aprivano le "casère", capaci di contenere diverse migliaia di forme ciascuna (basti pensare che nel XVIII secolo erano esportate annualmente circa 40.000 forme).

Non siamo in grado, a causa dell'incendio dell'archivio comunale del 1772, di sapere quante botteghe artigiane vi fossero esattamente, ma certamente vi furono rappresentati tutti i principali mestieri. Le ditte principali furono senza dubbio la filanda della seta e, dopo il 1900, le Ditte Polenghi-Lombardo, poi emigrata, Zazzera (la prima in Italia nel settore lattiero-caseario), e la Ditta Felisi produttrice di passamaneria.

I codognesi furono anche attenti alla causa nazionale. Le cospirazioni prima e le guerre del risorgimento poi trovarono numerosi e ferventi partecipanti: ben 283 parteciparono alle varie guerre come volontari, e 10 di essi, come ricorda una lapide posta nel cortile del palazzo Comunale, non tornarono. 64 uomini accompagnarono Garibaldi in Sicilia nel 1860, ed alcuni furono partecipi addirittura della famosa spedizione dei Mille.

Dopo i numerosi morti della I guerra mondiale, molti codognesi durante la II aderirono alla Resistenza, e questo nonostante la vicinanza con il grosso centro fascista di Piacenza e la zona tatticamente difficile, dalla quale passavano i tedeschi in ritirata per lasciare l'Italia.

Codogno ha poi continuato a progredire ponendosi come uno dei principali centri del Basso lodigiano: dal 1955 è stata elevata al rango di Città, soddisfacendo il desiderio che gli abitanti avevano già espresso a Napoleone Bonaparte oltre 150 anni prima, con una petizione del 5 ottobre 1796, che non aveva trovato allora favorevole accoglimento.